為評估中央財政轉移支付資金對國家重點生態功能區縣域生態環境改善及保護效果,環境保護部、財政部于2009年啟動了國家重點生態功能區縣域生態環境質量考核工作,以生態環境質量監測、定量化評價作為衡量轉移支付資金使用效果的依據,制定印發了《國家重點生態功能區縣域生態環境質量考核辦法》,并于2011年對全國所有重點生態功能區縣域開展生態環境質量考核,該項工作每年開展一次。自考核工作開展以來,國家重點生態功能區縣域數量逐年增加,截止到2016年,已由最初的451個增加至556個,占國家重點生態功能區總面積的68.41%,同時,國家重點生態功能區縣域轉移支付資金也逐年增加,已由219億元增加到599億元。